Der Film beginnt in der Vergangenheit, in der es eine Art Krieg zwischen verschiedenen Menschengruppen gibt, die zusammen mit ihren Pokémon aufeinander zuhetzen. Es wird gezeigt, wie das Pokémon Lucario mit Hilfe seiner speziellen "Aura"-Fähigkeit die weit entfernten Kriegsfronten sieht. Es begibt sich daraufhin zu einem von vielen Kristallen, die das ganze Land zieren. Durch diesen Kristall kann es eine telepatische Verbindung zu seinem Trainer Aaron aufnehmen, der sich gerade in dem nahe gelegenen Schloss befindet. Aaron fliegt auf seinem Tauboss Lucario entgegen. Er verbannt sein Lucario in einem Stab, den er bei sich trägt und lässt ihn zurück. Lucario fragt sich, warum er das getan hat. Kurz darauf funkelt der große 世界の始まりの木Baum des Anfangs) und auch der gesamte Wald. Der Krieg scheint daraufhin schlagartig vorbei zu sein. Daraufhin erfolgt eine Animation mit filmlogo daraufhin.